Remonta à primeira metade do século XIX, no contexto da colonização Portuguesa da baÃa do Namibe, com a função de defesa do presÃdio (estabelecimento militar de colonização) ali fundado. Após os estudos da costa e dos sertões da região, iniciados em 1839, o então Governador-geral da ProvÃncia de Angola, Manuel Eleutério Malheiro, determinou em Fevereiro de 1840 que se erguesse um forte na baÃa de Moçâmedes, época em que se iniciava a sua ocupação militar. Essa fortificação foi concluÃda em 1844, recebendo oficialmente a designação de Forte de São Fernando pelo OfÃcio nº 249, de 12 de Junho de 1849, do Governador-geral ao Ministério do Ultramar em Lisboa. Era feita, dessa forma, uma homenagem a Fernando II de Portugal, esposo da rainha D. Maria II (1826-1828; 1834-1853). Foi seu primeiro comandante o Tenente de Artilharia João Francisco Garcia (1840-1845). Os primeiros colonos civis de Moçâmedes foram dois grupos de Portugueses que se retiraram da ProvÃncia de Pernambuco, no Brasil, quando da Revolta Praieira (1848-1850), em 1849. No século XX, as suas dependências foram ocupadas pelo Comando Distrital da PolÃcia de Segurança Pública, até à independência do paÃs. Com a independência, em 11 de Novembro de 1975, o antigo Distrito de Moçâmedes passou a constituir a ProvÃncia do Namibe. O forte encontra-se atualmente ocupado pelo comando da Base Naval do Namibe, da Marinha de Angola.